A vírus és a prion közötti legfontosabb különbség az, hogy a vírus egy apró fertőző részecske, amely nukleinsavakból és egy fehérjebevonatból áll, míg a prion egy kicsi fertőző részecske, amely egyetlen fehérjéből áll.
A mikrobiológusok különböző típusú biológiai entitásokat vizsgálnak. Közülük a vírus és a prion az acelluláris fertőző részecskék két típusa. Nem tekinthetők élő organizmusoknak, mivel több nem élő tulajdonságot mutatnak, mint élő tulajdonságokat. Hasonlóképpen, nem tartalmaznak riboszómákat és enzimeket a fehérjék szintetizálásához. Ennélfogva élő organizmusra (gazdaszervezetre) van szükségük a szaporodáshoz. Ezenkívül fénymikroszkóp alatt nem figyelhetők meg, és Chamberland-szűrőkkel nem szűrhetők ki. Sőt, tápközegben nem termeszthetők. A vírus és a prion közötti különbség elsősorban összetételüknek köszönhető. A vírusok nukleinsavakból és fehérjékből állnak, míg a prionok csak fehérjékből állnak. Hasonlóképpen számos különbség van a vírus és a prion között, amelyeket ez a cikk tárgyalni fog.
