A legfontosabb különbség az episztázis és a pleiotrópia között az, hogy az episztázis az a jelenség, amelyben az egyik gén egy lokuszban megváltoztatja a gén fenotípusos expresszióját egy másik lokuszban, míg a pleiotropia azt a jelenséget magyarázza, amelyben egyetlen gén több fenotípusos tulajdonságot is befolyásol.
Az epistasis és a pleiotropia két jelenség a genetikában. Az epistazis akkor fordul elő, amikor egynél több gén határoz meg egyetlen fenotípust. Ezért az episztázisban az egyik gén befolyásolja egy másik, egy másik lokuszban található gén expresszióját. Ezzel szemben a pleiotropia akkor fordul elő, amikor egy gén több fenotípust határoz meg. Ennélfogva egy gén több tulajdonsághoz is hozzájárul. Az epistasis és a pleiotropia is a mendeli öröklődés variációi.
