A legfontosabb különbség a génamplifikáció és a génklónozás között az, hogy a génamplifikáció az a folyamat, amely során az érdeklődésre számot tartó génből sok másolatot készítenek in vitro egy polimeráz láncreakcióval. De a génklónozás az a folyamat, amelyben az érdeklődésre számot tartó génből sok másolat készül in vivo egy rekombináns plazmid előállításával és gazda baktériumgá történő átalakításával.
A gén a DNS specifikus fragmense, amely egy fehérjét kódol. Egy szervezet több ezer génnel rendelkezik. Sőt, molekuláris biológiai technikák segítségével meg lehet szaporítani a fontos gének DNS-szekvenciáját. A génamplifikáció és a génklónozás két ilyen eljárás. Mindkét eljárás egy érdekes gén sok másolatát hozza létre. Módszertanukat tekintve azonban van különbség a gén amplifikációja és a gén klónozása között.
