A legfontosabb különbség a ribozimok és a fehérjeenzimek között az, hogy a ribozimok olyan RNS-molekulák, amelyek képesek specifikus biokémiai reakciók katalizálására, míg a fehérjeenzimek olyan fehérjemolekulák, amelyek képesek az élő organizmusokban előforduló biokémiai reakciók nagy részét katalizálni.
Az enzimek biológiai katalizátorok, és felgyorsítják a biokémiai reakciók sebességét. Általában minden enzim aminosavakból álló fehérje. Ezért ezeket fehérjeenzimeknek is nevezik. Vannak azonban olyan specifikus RNS-molekulák, amelyek specifikus biokémiai reakciók katalizátorként működhetnek. Ezek a ribozimok vagy ribonukleinsav enzimek. Ezért mind a ribozimok, mind a fehérjeenzimek ugyanazt a funkciót látják el, mint a biokémiai reakciók katalizátora.
