A legfontosabb különbség az 1. fotorendszer és a 2. fotorendszer között az, hogy az 1. fotorendszer olyan reakcióközponttal rendelkezik, amely egy klorofill P700 molekulát alkot, amely 700 nm hullámhosszon elnyeli a fényt. Másrészről a II. Fotorendszer egy olyan reakcióközponttal rendelkezik, amely klorofillt és P680 molekulát tartalmaz, amely elnyeli a fényt 680 nm hullámhosszon.
A fotorendszerek klorofill molekulák, kiegészítő pigment molekulák, fehérjék és apró szerves vegyületek gyűjteménye. Két fő fotorendszer létezik; fotoszisztéma I (PS I) és II fotoszisztéma (PS II), amelyek a növények kloroplasztikájának tilakoid membránjaiban vannak jelen. Mindkettő végrehajtja a fotoszintézis könnyű reakcióját. Ennek megfelelően a növényeknek lényegében szükségük van mindkét fotorendszerre. Azért, mert a vízből leválasztott elektronok több energiát igényelnek, mint amennyit a fény által aktivált fotorendszer tudok szállítani. Ennek következtében a II fotorendszer képes elnyelni rövidebb hullámhosszú (nagyobb energiájú) fényt, és tandemben kapcsolódik a PS I-hez, lehetővé téve a nem ciklikus elektronáramlást.
