A mutagén és a teratogén közötti fő különbség az, hogy a mutagén olyan anyag vagy ágens, amely változást okoz az egyén DNS-szekvenciájában, míg a teratogén olyan anyag, amely kárt okoz a magzatban vagy a fejlődő embrióban a terhesség alatt.
A mutagének és a teratogének általában vegyi anyagok. A fizikai és biológiai ágensek azonban mutagénként vagy teratogénként is működhetnek. Mindkettő nagyon káros vagy halálos hatásokat eredményezhet az egyéneknél. A biotechnológia fejlődése azonban új meglátásokat adott mind a mutagének, mind a teratogének fogalmaival kapcsolatban.