A legfontosabb különbség a Watson, valamint a Crick és a Hoogsteen alap párosítás között az, hogy Watson és Crick alap párosítása az a standard módszer, amely leírja a purinok és pirimidinek közötti alappárok kialakulását. Eközben a Hoogsteen bázispárosítás egy alternatív módszer a bázispárok kialakítására, amelyekben a purin más konformációt mutat a pirimidinhez képest.
A nukleotidnak három összetevője van: nitrogén bázis, pentóz cukor és foszfát csoport. Öt különböző nitrogénbázis és két pentózcukor vesz részt a DNS és az RNS felépítésében. Amikor ezek a nukleotidok nukleotidszekvenciát képeznek, komplementer bázisok, akár purinok, akár pirimidinek, hidrogénkötéseket képeznek közöttük. Ezt bázispárosításnak nevezik. Ezért bázispár képződik két nitrogénbázis hidrogénkötésekkel történő összekapcsolásával. Watson és Crick alap párosítása a klasszikus vagy standard megközelítés, míg a Hoogsteen alap párosítás az alappárok kialakításának alternatív módja.
