A legfontosabb különbség a hemocianin és a hemoglobin között az, hogy a hemocianin réztartalmú extracelluláris légzőszervi pigment, amely néhány gerinctelen vérben van, míg a hemoglobin egy vasat tartalmazó intracelluláris légzőszervi pigment, amely a gerinces vérben van.
Aerob organizmusokban a gázcsere a vérben jelenlévő metalloproteinek révén történik. Ezért a hemocianin és a hemoglobin két metalloprotein, amelyek megkönnyítik a gerinctelen állatok és a gerinces állatok gázcseréjét. A hemocianin egy réztartalmú légzőszervi pigment, amely a gerinctelenek hemolimfájában szuszpendálva található. Ezzel szemben a hemoglobin egy vasat tartalmazó légzőszervi pigment, amely a gerincesek vörösvérsejtjeihez kötődik. A hemocianin oxigénezett formája kék színű. De a hemoglobin oxigénezett formája élénkpiros színű.
