A legfontosabb különbség a rokon és az izomer között az, hogy a rokon vegyületek hasonló szerkezetű és hasonló tulajdonságú kémiai vegyületekre utalnak. Eközben az izomer azonos kémiai képletű, de eltérő szerkezetű molekulákra utal.
A kongener és az izomer kifejezés olyan vegyületek csoportjaira utal, amelyeket hasonlóságuk szerint csoportosítunk. A kongener kifejezésnek különböző definíciói lehetnek, de a kémia területén leginkább azt a meghatározást használjuk, hogy az államok kongenerjei hasonló szerkezetű és hasonló tulajdonságú kémiai vegyületek. Az izomerek viszont különböző szerkezetű, de hasonló atomösszetételű vegyületek; ennélfogva különböző tulajdonságokkal is rendelkeznek.
