A legfontosabb különbség az UPGMA és a szomszéd csatlakozó fák között az egyes módszerekből származó filogenetikai fa típusa. Az UPGMA egy gyökeres filogenetikai fa, míg a szomszéd fához csatlakozó technika egy nem gyökerező filogenetikai fa felépítésének technikája.
A filogenetikai fák olyan faszerű ábrák, amelyek az organizmusok közötti evolúciós kapcsolatokat mutatják be. A filogenetikus fa különböző topológiájú lehet, a faépítéshez alkalmazott technikától függően. Az UPGMA és a szomszéd csatlakozó fa két fő módszer a filogenetikai fák felépítésére.
