A legfontosabb különbség az auxotrófok és a prototrófok között az, hogy az auxotrófok olyan mutáns mikroorganizmusok, amelyek elvesztették képességüket a növekedésükhöz szükséges speciális szerves vegyületek előállítására, míg a prototrófok vad típusú mikroorganizmusok, amelyek képesek az összes szükséges szerves vegyület előállítására.
A mikroorganizmusok különböző táplálkozási módokat mutatnak be. Különösen a baktériumok különböző képességekkel rendelkeznek. Egyes baktériumok képesek fotoszintetizálni és előállítani saját táplálékukat, míg egyes baktériumok szimbiotikus kapcsolatban élnek gazdaszervezetükkel és tápanyagokat szereznek. Továbbá néhány baktérium lebontja a szerves anyagokat és tápanyagokat szerez. Az auksotrófok és prototrófok a mikroorganizmusok két csoportja, amelyek növekedésükhöz szerves vegyületek előállítására való képességük alapján különböznek. A prototrófok képesek szintetizálni a növekedésükhöz szükséges összes szerves vegyületet, míg az autotrófok egy mutáció miatt nem képesek előállítani egy adott szerves vegyületet, amely elengedhetetlen a növekedéséhez.
