A legfontosabb különbség a bakteriocin és az antibiotikum között az, hogy a bakteriocin egy fehérjetartalmú toxin, amelyet a baktériumok egy szorosan rokon baktériumtörzs ellen termelnek, míg az antibiotikum antibakteriális anyag és egy másodlagos metabolit, amely elpusztítja vagy gátolja a baktériumok növekedését.
Az antimikrobiális anyagok képesek elpusztítani a kórokozó mikroorganizmusokat, vagy késleltetni azok növekedését és szaporodását. Az antimikrobiális szerek lehetnek antibakteriálisak, gombaellenesek vagy vírusellenesek. Az antibakteriális anyagok vagy antibiotikumok a baktériumok, míg a gombaellenes szerek a patogén gombák ellen hatnak. A vírusellenes gyógyszerek megölik a vírusokat. Ezért az antibiotikumok a leghatékonyabb antibakteriális anyagok, amelyek felhasználhatók a bakteriális fertőzések leküzdésére. A bakteriocin egy baktérium által termelt fehérjetartalmú toxin. Szorosan rokon baktériumtörzsek ellen hat. Így mind az antibiotikum, mind a bakteriocin antibakteriális aktivitással bír.
