A legfontosabb különbség az E. coli és a Pseudomonas aeruginosa között az, hogy az E. coli egy fakultatív anaerob baktériumfaj, amely az Enterobacteriaceae családba és az Escherichia nemzetségbe tartozik, míg a P. aeruginosa egy aerob baktériumfaj, amely a Pseudomonadadaceae és a Pseudomonas nemzetségbe tartozik.
Az E. coli és a Pseudomonas aeruginosa egyaránt gram-negatív, rúd alakú és mozgékony baktériumok. Ezenkívül kapszulázott baktériumok. De az E. coli az Escherichia nemzetség egy faja, míg a P. aeruginosa a Pseudomonas nemzetség faja.