A transzformáció és a transzdukció közötti legfontosabb különbség az, hogy a transzformáció olyan mechanizmus, amely megváltoztatja a baktériumok genetikai anyagát azáltal, hogy exogén genetikai anyagot közvetlenül felvesz a környezetéből a sejtmembránon keresztül, és beépíti a genomba, miközben a transzdukció az idegen DNS injektálása bakteriofág vírus a gazda baktériumba.
A konjugáció a DNS rekombinációjának jól ismert módszere, amely megtalálható mind az eukariótákban, mind a prokariótákban. A tudósok felfedezték, hogy a DNS-t egyik baktériumsejtből a másikba másik két mechanizmus segítségével lehet transzformálni és transzdukció útján átvinni. A konjugációhoz hasonlóan ez a két mechanizmus egy irányba továbbítja a DNS-t, és a rekombináció az allélok között történik a homológ DNS-régiókban. Mindkét mechanizmus nagyon kevés DNS-mennyiséget visz át, és nem a teljes sejtkromoszómát.
