A legfontosabb különbség az endogén és az exogén antigének között az, hogy az endogén antigén a sejteken belül keletkezik, míg az exogén antigén kívülről jut be a testbe.
Az antigén olyan molekula vagy anyag, amely reagál egy specifikus immunválasz termékére és stimulálja az antitestképződést. Az adott molekula antigén jellege az antigén képessége antitesttermelés indukálására. Az antigének lehetnek fehérjék vagy poliszacharidok is. Továbbá az antigént bemutató sejtek (APC-k), például a dendritikus sejtek közvetítik az antigénfelvétel, az antigén feldolgozás és az antigén bemutatás folyamatát. Ezenkívül az immunaktivitástól függően az antigéneket immunogénként, tolerogénként vagy allergénként lehet besorolni. Emellett az antigéneket eredetük szerint is osztályozhatjuk exogénnek vagy endogénnek.
