A fő különbség a fotoszintézis és a fotoreszpiráció között az, hogy a fotoszintézis az a folyamat, amelynek során a fotoautotrófok, főleg a zöld növények, az algák és a cianobaktériumok szénhidrátokat és oxigént termelnek szén-dioxidból és vízből a napfény energiájának felhasználásával, míg a fotorezpiráció mellékreakció, amelyben az enzim A RuBisCO oxigénezi a RuBP-t, ami a fotoszintézis által termelt energia egy részének pazarlását okozza.
A fotoszintézis és a fotoreszpiráció két folyamat fordul elő a növényekben. A fotoszintézis azonban fontos folyamat, míg a fotoreszpiráció pazarló folyamat. Az energia és a fix szén egy részét a RuBP-oxigenáz-karboxiláz nevű enzim fotorezirációja pazarolja el. Ezért a fotoreszpirációt olyan folyamatnak nevezhetjük, amely csökkenti a fotoszintézis hatékonyságát a növényekben.
