A legfontosabb különbség az endopeptidáz és az exopeptidáz között az, hogy az endopeptidáz megszakítja a peptidkötéseket a fehérjemolekulákon belül, míg az exopeptidáz hasítja a peptidkötéseket a fehérjemolekulák végein.
A fehérjék fontos makromolekulák, amelyek nélkülözhetetlenek az összes organizmusban előforduló biokémiai reakciók nagy részében. Különböző aminosavak egyesülve alkotják ezeket a fehérjéket. Ezenkívül az enzimek katalizálják a fehérjék hidrolízisét aminosavakká. Ezek specifikus enzimek, az úgynevezett proteázok vagy peptidázok. Ezért képesek lebontani a fehérjék peptidláncait aminosavakká. Ezenkívül a peptidázok lehetnek endopeptidázok vagy exopeptidázok.
