A legfontosabb különbség a gyógyszerkémia és a gyógyszerkémia között az, hogy a gyógyszerkémia új kémiai vegyületek tervezésével, optimalizálásával és fejlesztésével foglalkozik, hogy ezeket gyógyszerként használják, míg a gyógyszerkémia a gyógyszerek tanulmányozásával és azok fejlesztésével foglalkozik.
A gyógyszerkémia és a gyógyszerkémia egyaránt foglalkozik azokkal a gyógyszerekkel vagy gyógyszerekkel, amelyeket különböző betegségek kezelésére használunk. Mindkét terület nagyon kicsi eltérésekkel tárgyalja a gyógyszerek tervezését és fejlesztését. Az egyik ilyen különbség az, hogy az orvosi kémia nemcsak a gyógyszerekről, hanem a gyógyszerek hatásmechanizmusairól is tanulmányoz testünkben.