A legfontosabb különbség az SM és a lyme-kór között az, hogy a lyme-kór fertőző betegség, míg az SM nem gyulladásos betegség, amelynek nincs fertőző eredete. Vagyis a szklerózis multiplex egy krónikus autoimmun, T-sejt által közvetített gyulladásos betegség, amely befolyásolja a központi idegrendszert. A Lyme-kórt viszont egy Borrelia burgdoferi nevű spirochéta okozza, amely tetvek vagy kullancsok harapásával jut be az emberi testbe.
Mind a sclerosis multiplex, mind a Lyme-kór olyan betegség, amely hatással lehet neurológiai rendszerünkre.
