A legfontosabb különbség a protosztómák és a deuterosztómák között az, hogy a protosztómákban a blastopore a száj, míg a deuterostómákban a végbélnyílás lesz. Egy másik fő különbség az, hogy a protosztómák embriói spirális hasításon, míg a deuterosztómák embriói radiális hasításon mennek keresztül.
E két kifejezés megértése során fontos lenne odafigyelni arra, hogy a organizmusok embrionális fejlődése hogyan zajlik. Különösen fontos lenne figyelembe venni azokat az állatokat, amelyek koelommal rendelkeznek, amely folyadékkal töltött üreg az endoderma (bél) és a mezoderma (többnyire izomréteg) között fekszik; más szóval, a coelom az emlősök hashártyája. A protoszómák és a deuterosztómák a koelomátum két fő típusa, és sok különbség van közöttük. Elsõsorban abban különböznek egymástól, hogy a szájuk és a végbélnyílásuk hogyan alakul ki az embrionális fejlõdés során.
