Kulcskülönbség - SDS oldal vs natív oldal
Az SDS és a natív oldal a poliakrilamid-gél elektroforézis kétféle típusa, amelyet a molekuláris biológiában használnak. A legfontosabb különbség az SDS Page és a Native Page között az alkalmazott poliakrilamid gél típusa. Az SDS Page-ben denaturáló gélt használunk, ezért a molekulákat molekulatömegük alapján különítjük el. Ezzel szemben a Native Page-ben nem denaturáló géleket használnak. Ezért a molekulákat méretük, töltésük és alakjuk alapján választják el egymástól.
A poliakrilamid-gél elektroforézis (oldal) egy gélt használ, amelyet az akrilamid-monomerek metilén-biszakrilamiddal történő polimerizálásával készítettek. A poliakrilamid keményebb és hőstabilabb, mint az agaróz. A poliakrilamid gélek kisebb pórusmérettel rendelkeznek, amely lehetővé teszi a fehérjék hatékony elválasztását. Az oldalbeállításoknak két fő típusa van, nevezetesen az SDS-oldal és a natív oldal. Az SDS Page vagy nátrium-dodecil-szulfát poliakrilamid gél elektroforézis molekuláris súlya alapján választja el a fehérjéket. Denaturáló géleket használnak az SDS Page. A Native Page nem denaturáló géleket használ, és elválasztja a fehérjéket méretük, töltésük és alakjuk (3D konformáció) alapján.
TARTALOM
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi az SDS
3. oldal Mi az a natív oldal
4. Az SDS oldal és a natív oldal közötti hasonlóság
5. Egymás melletti összehasonlítás - SDS oldal vs natív oldal táblázatos formában
6. Összefoglalás
Mi az SDS oldal?
Az SDS Page a leggyakoribb elektroforetikus technika, amelyet a fehérjék molekulatömegük alapján történő szétválasztására használnak. A gélt SDS (nátrium-dodecil-szulfát) hozzáadásával állítják elő, amely detergens. Az SDS a fehérjéket monomerekké alakítja. Az SDS anionos detergens. Ezért nettó negatív töltést ad a fehérjékhez széles pH-tartományban. Amikor a nettó negatív töltés a fehérjemolekulákra jut, a töltésváltozás miatt a komplex struktúrák lebomlanak. A negatív töltés miatt a fehérjék a pozitív vég felé vonzódnak. Így az alacsonyabb molekulatömegű molekulák gyorsabban haladnak a gélmátrixon, és az anód közelében figyelhetők meg, míg a nagyobb molekulatömegű fehérjék a kutakhoz közelebb figyelhetők meg.
01. ábra: SDS oldal
A polipeptidlánchoz kötődő SDS arányos a relatív molekulatömegével. Ezért a molekulatömeget az SDS - en keresztül is meg lehet határozni. Az SDS Page gélek festését bróm-fenol-kék festéssel végezzük. Az SDS oldaltartománya nagyobb mértékben alkalmazható, ahol felhasználható a relatív molekulatömeg becslésére és a fehérjekeverékben lévő fehérjék relatív bőségének meghatározására. Az SDS Page segítségével fel lehet használni a fehérje eloszlásának meghatározását a fehérjék keverékében is. Az SDS oldalt a fehérjék tisztítására és értékelésére is alkalmazzák. A Western blot és hibridizáció előzetes eljárásaként használják, amelyet viszont a fehérje feltérképezésére és azonosítására használnak.
Mi az a natív oldal?
A natív poliakrilamid gél elektroforézis során (Native Page) nem denaturáló gélt használnak. Ezért SDS-t vagy bármilyen más denaturálószert nem adnak a gélmátrixhoz. A Native Page-ben a fehérjék szétválasztása a töltésen és a fehérje méretén alapul. Ezért a fehérje mobilitása a töltéstől és a fehérje méretétől függ.
A fehérje töltése az aminosavak oldalláncaitól függ. Ha az oldalláncok negatív töltésűek, a fehérje összességében negatív töltést kap, és fordítva. A fehérjék megtartják a 3D-s konformációt a hajtás miatt. A fehérjék számos kötéstípusának hajtogatása, például diszulfidkötések, hidrofób kölcsönhatások és hidrogénkötések. Ezért, ha a natív oldalt semleges pH-értéken hordozzuk, a fehérjék a fehérje molekuláris alakjának megfelelően elválnak. Ezért a Native Page érzékeny technikaként alkalmazható a fehérje töltésében vagy konformációjában bekövetkező változás kimutatására.
A natív oldal fő előnye, hogy a Page elemzéshez használt fehérje a Page analízist követően eredeti állapotában nyerhető vissza, mivel a fehérje a folyamat során nem zavar. A Native Page egy viszonylag nagy áteresztőképességű technika, és a fehérje stabilitása megnő.
02. ábra: Natív oldal
A gélfuttatás befejezése után a Native Page gélt bróm-fenol-kékkel vagy bármely más megfelelő festő reagenssel festve megtekinthetjük. A Native Page alkalmazásai magukban foglalják a savas fehérjék szétválasztását, beleértve a glikoproteineket, például az emberi rekombináns eritropoietint, vagy a szarvasmarha-szérumalbuminban (BSA) található fehérjék azonosítását.
Milyen hasonlóságok vannak az SDS oldal és a natív oldal között?
- Az SDS Page és a Native Page rendszerek egyaránt poliakrilamid gélt használnak a gél mátrixaként.
- Mindkettőt a fehérjék szétválasztására és azonosítására használják.
- Mindkettő elektroforetikus mobilitást alkalmaz a vegyületek elválasztására.
- Mindkettő elvégezhető függőlegesen vagy vízszintesen (főleg függőleges oldalbeállításként, mert a futás hossza nagyobb).
- Az elektroforézis készülék, beleértve a géltartályt, a fésűket, az áramellátás mindkét technika működéséhez szükséges.
- A gél vizualizálása mindkét módszer festési módszerével elvégezhető.
Mi a különbség az SDS és a natív oldal között?
Különböző cikk a táblázat előtt
SDS oldal vs natív oldal |
|
| Az SDS oldal vagy a nátrium-dodecil-szulfát oldal molekulatömegük alapján választja el a fehérjéket, és denaturáló gélt használ. | A Native Page nem denaturáló géleket használ, és elválasztja a fehérjéket méretük, töltésük és alakjuk (3D konformáció) alapján. |
| A gél típusa | |
| Az SDS-oldalon denaturáló gélt használunk. | A natív oldalon nem denaturáló gélt használnak. |
| Az SDS jelenléte | |
| Az SDS detergensként van jelen, hogy negatív töltetet adjon a mintának az SDS oldalon. | Az SDS nincs a natív oldalon. |
| Elválasztás alapja | |
| A fehérjék szétválasztása az SDS oldalon található fehérje molekulatömegétől függ. | Az elválasztás a natív oldalon található fehérjemolekula méretétől és alakjától függ. |
| A fehérje stabilitása | |
| A fehérje stabilitása alacsony az SDS oldalon. | A fehérje stabilitása magas a natív oldalon. |
| Az eredeti fehérje visszanyerése | |
| Nem lehetséges, mivel az SDS oldalon denaturált. | Lehetséges a natív oldalon. |
Összegzés - SDS oldal vs natív oldal
Az SDS Page és a Native Page kétféle poliakrilamid gélelektroforézis technikát használnak a fehérjék szétválasztására. Az SDS oldalt SDS nevű mosószerrel kezeljük. Az SDS átfogó negatív töltést kölcsönöz a fehérjének, ami a fehérje denaturálódását eredményezi. Ezért a fehérjéket molekulatömegük alapján szétválasztják. Ezzel szemben a Native Page technika nem használ denaturálószert. Így a fehérjék méretük vagy alakjuk alapján szétválnak. Ez a különbség az SDS-oldal és a natív oldal között.
