Fő különbség - SYBR Green vs Taqman
A SYBR Green és a Taqman két módszer a valós idejű PCR amplifikációs folyamatának detektálására vagy figyelésére. A SYBR Green egy módszer, amely a nukleinsavfestő festék interkalációján alapul, míg a Taqman a hidrolízisszondán alapuló módszer. Mindkét technológiát fluoreszcencia előállítására tervezték a PCR során, amely lehetővé teszi a valós idejű PCR-készülék számára, hogy „valós időben” figyelemmel kísérje a reakciót. Az SYBR Green módszert egy SYBR green nevű fluoreszcens festék alkalmazásával hajtjuk végre, és az amplifikációt úgy detektálja, hogy a festéket a keletkezett kétszálú DNS-hez köti. A Taqmant kettősen jelölt próbák segítségével hajtják végre, és az amplifikációt detektálja a próba Taq-polimeráz általi lebontásával és a fluorofór felszabadulásával. Ez a legfontosabb különbség a SYBR Green és a Taqman között.
TARTALOM
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a SYBR Green
3. Mi a Taqman
4. Egymás mellett történő összehasonlítás - SYBR Green vs Taqman
5. Összefoglalás
Mi az a SYBR Green?
A SYBR Green egy fluoreszcens festék, amelyet a nukleinsavak, különösen a kettős szálú DNS festésére használnak a molekuláris biológiában. A SYBR Green módszert alkalmazzák a PCR-termékek számszerűsítésére a valós idejű PCR során. Miután kötődik a DNS-hez, a keletkező DNS-festék komplex elnyeli a kék fényt és intenzív zöld fényt bocsát ki. Ez a festékmolekulában bekövetkező szerkezeti változás miatt következik be, amikor kettős szálú DNS-hez kötődik. Amikor a PCR egyre több DNS-t hoz létre, több festékmolekula kötődik a DNS-hez, és így több fluoreszcencia keletkezik. Ezért a fluoreszcencia nő a PCR termék felhalmozódásával. Ennélfogva a PCR termék mennyisége kvantitatív módon mérhető az SYBR Green fluoreszcencia detektálásával.
A SYBR zöld festék felhasználható citometriában és fluoreszcens mikroszkópos DNS-jelölésre is. Az etídium-bromidot sikeresen felváltotta a SYBR Green, mivel az etídium-bromid egy rákkeltő színezék, amely a gélelektroforézis DNS-vizualizációja során ártalmatlanítási problémákat okoz.
A SYBR green módszernek vannak előnyei és hátrányai. Ez a módszer nagyon érzékeny, olcsó és könnyen használható. Bármely kettős szálú DNS-hez való kötődési képessége miatt a nem specifikus kötődés a PCR-termék túlzott mennyiségi meghatározásához vezethet.
01. ábra: SYBR zöld technika
Mi a Taqman?
A Taqman a SYBR Green alternatívája a valós idejű PCR folyamat nyomon követésére. Ez a módszer a Taq-polimeráz enzim 5 '- 3' exonukleázaktivitásától függ, hogy lebontja a próbákat az új szál meghosszabbítása és a fluorofór felszabadulása során. Kettős jelölésű próbákat alkalmaznak ebben a módszerben, és a szondák hidrolízisén alapul. A próbák fluoreszcensen jelölt DNS-oligonukleotidok, amelyek fluoreszcens riportermolekulája (fluorofor) az 5'-végén, a csillapító molekula pedig a 3'-végén található. Úgy vannak megtervezve, hogy az alaplánc ellenkező oldalán lévő egyszálú sablonhoz kötődjenek. A Taq-polimeráz nukleotidokat ad hozzá a primerhez, és az új szálat meghosszabbítja a kettősen jelzett próbák felé. Amint a Taq polimeráz találkozik a próbával, a Taq polimeráz exonukleáz hatása aktiválja és lebontja a próbát. Miután befejezte az új szál szintézisét, a próbát teljes lebontásnak vetik alá és felszabadítják a fluorofórt. A fluorofor felszabadulása fluoreszcenciát generál. A fluoreszkáló Quencher molekula hatékonyan kioltja a kibocsátott fényt, és létrehozza a kimenetet a PCR termék kvantifikálásához. A fluorofórok felszabadulása és a PCR-termékek mennyisége arányos. Ennélfogva a mennyiségi meghatározást Taqman-módszerrel könnyen elvégezhetjük.a számszerűsítés Taqman módszerrel könnyen elvégezhető.a számszerűsítés Taqman módszerrel könnyen elvégezhető.
02. ábra: Taqman-módszer
A Taqman-módszert valós idejű PCR-ben, a génexpresszió számszerűsítésében, a genetikai polimorfizmusok kimutatásában, a kromoszómális DNS-deléciók számszerűsítésében, a baktériumok azonosításában, a mikroarray-elemzés ellenőrzésében, az SNP genotipizálásában stb.
Mi a különbség a SYBR green és a Taqman között?
Különböző cikk a táblázat előtt
SYBR Green vs Taqman |
|
| A SYBR Green DNS-kötő festékre épül. | A Taqman a hibridizációs próbáktól és a Taq-polimeráz 5'-3 'exonukleáz aktivitásától függ. |
| Fluoreszkálóan címkézett szondák | |
| Nincs szükség fluoreszcensen jelzett próbákra. | Kettős jelölésű szondákra van szükség. |
| Multiplex génelemzés | |
| Nem használható multiplex gén célokhoz. | Fel lehet használni multiplex géncélokra. |
| Költség | |
| Ez olcsóbb. | Ez drágább. |
| Sajátosság | |
| Ez kevésbé specifikus, és bármilyen kettős szálú DNS-hez kötődik | Ezek nagyon specifikusak, mivel a próbák kimutatják a specifikus amplifikációs termékeket. |
| Hatékonyság | |
| Ez kevésbé hatékony. | Ez nagyon hatékony. |
| Alkalmazás | |
| Ezt valós idejű PCR-ben, agarózgél-megjelenítésben, DNS-jelölésben stb. | Ezt valós idejű PCR-ben, a génexpresszió számszerűsítésében, a genetikai polimorfizmusok detektálásában stb. |
Összegzés - SYBR Green és Taqman
A Taqman és a SYBR green a valós idejű PCR (kvantitatív PCR) két módszer. Mindkét módszer lehetővé teszi a PCR-termék hatékony számszerűsítését és támaszkodik a fluoreszcencia emissziójára. A Taqman-módszer kettősen jelölt próbákat alkalmaz a felhalmozódott DNS kimutatására, míg az SYBR Green módszer fluoreszcens festéket használ. Mindkét módszer a molekuláris biológiában is eltérő alkalmazási lehetőségekkel bír.
