A legfontosabb különbség a kromatofókuszálás és az izoelektromos fókuszálás között az, hogy a kromatofókuszálás egy oszlopkromatográfiai módszer, amely ioncserélő gyantákat használ, míg az izoelektromos fókuszálás egy olyan típusú elektroforézis, amely immobilizált pH-gradiens géleket alkalmaz.
A kromatofókuszálás és az izoelektromos fókuszálás két olyan technika, amely elválasztja a fehérjéket izoelektromos pontjaik szerint. A kromatofókusz és az izoelektromos fókuszálás egyaránt nagy felbontóképességgel bír. A kromatofókuszálás nagy felbontású oszlopkromatográfiai módszer, míg az izoelektromos fókuszálás elektroforetikus elválasztási módszer. Ezenkívül a kromatofókuszálás nem használ elektromos teret, míg az izoelektromos fókuszáláshoz elektromos mezőre van szükség.
