A legfontosabb különbség a Punnett-négyzet és a törzskönyv között az, hogy a Punnett-négyzet minden lehetséges genotípust megjelenít, amely két szülői genotípusból örökölhető, míg a törzskönyv egy adott tulajdonság családtörténetét képviseli, különösen egy gén öröklődését.
A Punnett négyzet és a törzskönyv kétféle eszköz, amelyek segítenek meghatározni a gének öröklődésének valószínűségét. Mindkettő egy adott tulajdonság öröklődésének valószínűségét utódoknak mutatja. Más szavakkal, mindkettő megjósolja az öröklési mintákat a családi vonalakban. Ennélfogva segíthetnek meghatározni a gyermek örökletes betegségének kockázatát. A Punnett négyzet egyszerűen grafikus módon mutatja be az összes lehetséges genotípust, amely a két szülő gyermekeinél előfordulhat.
