A legfontosabb különbség az összetett heterozigóta és a kettős heterozigóta között az, hogy az összetett heterozigóta olyan egyén, akinek két különböző mutált allélje van egy adott génterületen, míg a kettős heterozigóta két különálló genetikai lókuszon heterozigóta.
Általában egy génnek két allélje van, mivel a szervezetek diploidak. Az allélek a gén variáns formái. A kromoszóma genetikai helyén helyezkednek el. Vannak domináns allélok, valamint recesszív allélek. Ha egy egyednek két különböző allélja van (egy domináns és egy recesszív (Aa)) egy lokuszra, akkor heterozigótának hívjuk. A gén két különböző alléljének feltételét heterozigóta állapotnak nevezzük. Az összetett heterozigóta és a kettős heterozigóta a heterozigóta helyzetek két típusa. A heterozigóta vegyületnek két különböző mutált allélje van egy adott gén lokuszon. A kettős heterozigóta két gén lokuszon heterozigóta.
