A legfontosabb különbség a hisztopatológia és a citológia között az, hogy a hisztopatológia a beteg szövetek vizsgálata mikroszkóppal, míg a citológia a test egyes sejtjeinek vizsgálata.
A sejtek az élet alapvető szerkezeti egységei. Az orvostudományban a betegségek diagnosztizálása során a sejteket és az egész szöveteket patológusok vizsgálják. A szövetek betegségekkel kapcsolatos vizsgálata hisztopatológia néven ismert. Ezzel szemben egyetlen sejttípus tanulmányozása citológia néven ismert. Ezért a hisztopatológia a szöveteket vizsgálja, míg a citológia az egyes sejteket.
