A primer és a promoter közötti legfontosabb különbség az, hogy a primer egy kereskedelemben szintetizált rövid DNS-szekvencia, amelyet a PCR-ben a cél-DNS-szekvencia amplifikálásához használnak, míg a promoter egy specifikus DNS-szekvencia, amely biztonságos kezdeti kötési helyet biztosít az RNS-polimeráz és a transzkripciós faktorok számára a transzkripció megkezdéséhez.
A primer és a promoter kétféle DNS-szekvencia. Az alapozó a DNS egy kis töredéke, amely a polimeráz láncreakcióhoz (PCR) szükséges. Rövid nukleotidszekvenciái komplementerek a DNS-szál szélső végével. Kétféle primer létezik, amelyek kiindulópontként szolgálnak az új DNS-szálak szintéziséhez. Ezzel szemben a promóter egy specifikus DNS-szekvencia, amely egy gén transzkripciós iniciációs helyéhez képest helyezkedik el. Közvetlenül kölcsönhatásba lép a transzkripciós mechanizmus komponenseivel, például az RNS-polimerázzal és a transzkripciós faktorokkal a DNS-transzkripció szabályozása érdekében. Ezért az RNS polimeráz és más transzkripciós faktorok kötődnek a promóter szekvenciához és megindítják a transzkripciót.
