Fő különbség - Probe vs Primer
A molekuláris szonda egy kicsi DNS vagy RNS fragmens, amely felismeri a DNS vagy RNS komplementer szekvenciáit, és lehetővé teszi a célszekvencia azonosítását. Az alapozó a DNS vagy RNS kis szakasza, amely a DNS-szintézis kiindulópontjaként szolgál. A primerek és a próbák hibridizálódnak a templát DNS vagy a cél DNS komplementer nukleotidjaival. A legfontosabb különbség a próba és a primer között az, hogy a primerekre szükség van a DNS replikációjához, míg a próbákra a specifikus szekvenciák kimutatására van szükség a minta DNS-ben.
TARTALOM
1. Áttekintés és kulcsfontosságú különbségek
2. Mi a szonda
3. Mi az alapozó
4. Egymás mellett történő összehasonlítás - Szonda vs alapozó
5. Összefoglalás
Mi az a szonda?
A szonda a DNS vagy RNS kis töredéke, amelyet molekuláris hibridizációval detektálnak a mintában lévő cél DNS vagy RNS-re. Molekuláris markerként is ismertek. A próba hossza változhat (100-1000 bázis), és a próba nukleotidjai komplementerek a célszekvencia részével. A kimutatás megkönnyítése érdekében a próbákat radioaktív izotópokkal vagy fluoreszcens festékekkel vagy antitestekkel jelöljük. A próbák kötődnek a célszekvencia komplementer bázisaihoz, és felfedik a cél DNS vagy RNS jelenlétét a mintában. Két fő módszer létezik a szondák címkézésére: a végcímkézés és a nick fordítása. A próbákat különböző típusokba sorolják, ideértve a DNS-próbákat, az RNS-próbákat, a cDNa-próbákat és a szintetikus oligonukleotid-próbákat, és különféle technikák alkalmazásával állítják elő őket.
A szondák fontos eszközök számos mikrobiális és molekuláris területen, mint például a virológia, a törvényszéki patológia, az apasági tesztek, a DNS-ujjlenyomatok, a genetikai betegségek felderítése, RFLP, molekuláris citogenetika, in situ hibridizáció stb.
01. ábra: Fluoreszcensen jelölt próba, amelyet a FISH-ben használtak kórokozók kimutatására
Mi az alapozó?
Az alapozó egy rövid DNS- vagy RNS-fragmens, amely a DNS-szintézis iniciátoraként szolgál. A DNS-polimeráz enzim nukleotidokat ad hozzá a primer szekvencia 3 'OH csoportjához, és szintetizálja az új szálat, amely komplementer a templát DNS-sel. A primerek nagyon rövid, 18-20 nukleotid hosszúságú fragmensek. A laboratóriumban kémiailag szintetizálják őket in vitro DNS-amplifikáció (PCR) céljából. A primereknek bármilyen nukleotidszekvenciája lehet, mivel azokat a felhasználó tervezi. Úgy szintetizálják, hogy illeszkedjenek a templát DNS komplementer bázisaihoz. Ezért bármilyen nukleotidszekvenciája lehet. A primerek rendkívül fontosak a DNS-replikáció szempontjából, mivel a DNS-polimeráz nem képes szintetizálni az új DNS-t egy már létező DNS-darab nélkül. A PCR-alapozók megtervezésekor a következőket kell figyelembe venni:
- A primereknek tartalmazniuk kell a komplex nukleotidokat az amplifikálni kívánt DNS szélső végéhez.
- Az alapozók olvadáspontjának 55-65 0 C között kell lennie
- A G- és C-tartalomnak 50-60% között kell lennie.
Két primert használunk PCR-ben előre és hátra a minta DNS mindkét szálának replikálásához. A primereket általában PCR és DNS szekvenálás elvégzésére használják.
02. ábra: Alapozó izzítás PCR-ben
Mi a különbség a Probe és az Primer között?
Különböző cikk a táblázat előtt
Probe vs Primer |
|
| A szonda a DNS / RNS kis töredéke, amelyet molekuláris hibridizációval detektálnak a mintában a célszekvencia jelenlétére. | A primer egy kis DNS- vagy RNS-szakasz, amely kiindulópontként szolgál a DNS-replikációhoz. |
| Funkció | |
| Ez kimutatja egy adott szekvencia jelenlétét a DNS vagy RNS mintájában. | Ez a DNS-szintézis kiindulópontjaként szolgál. |
| Hossz | |
| A hossza 100 és 1000 bázis között lehet | A hossz általában 18-20 alap |
| Kötés kiegészítő sorrenddel | |
| A szonda hibridizál a célszekvencia komplementer bázisaival | A primer a DNS-szálak komplementer bázisaival hoz létre. |
| Címkézés | |
| A szondákat az észlelés megkönnyítése érdekében címkével látták el | Az alapozók általában nincsenek felcímkézve |
| Használja PCR-ben | |
| A szondákat nem alkalmazzák a PCR-ben | A primereket a PCR-ben használják |
Összegzés - Probe vs Primer
A szonda a DNS vagy RNS szekvencia kis töredéke, amelyet komplementer nukleotidokkal hibridizálhatunk a célszekvencia kimutatására a mintában. A próbákat radioaktívan, immunológiailag vagy fluoreszcensen jelölik, hogy lássák a célszekvencia jelenlétét. A primer egy nagyon kicsi DNS- vagy RNS-fragmens, amely az in vitro DNS-amplifikáció kiindulópontjaként szolgál. A DNS-polimeráz azonosítja a 3 'OH-csoport láncindítót, és elindítja a templáttal komplementer új szál felépítését. A próbák és a primerek hasonlóan működnek, ha komplementer nukleotidokkal hibridizálnak. Így a próba és az alapozó közötti fő különbség az elsődleges funkciójuk.
