A legfontosabb különbség a szintenia és a kollinearitás között az, hogy a szintenia a genetikai lókuszok fizikai lokalizációja az azonos kromoszómán a fajokban, míg a kollinearitás az azonos kromoszómán levő genetikai lókuszok fizikai lokalizációja a különböző fajokban, azonos rendet fenntartva.
A szintenitás és a kollinearitás két olyan kifejezés, amelyeket felcserélhetõen használnak a genomikában. Mindkét kifejezés leírja a gének lokalizációs mintáit a különböző fajok kromoszómáin. Ezek a rokon génelrendezések a taxonok között értékes információk a gének közös eredetének következtetésére. A szinténia a genetikai lókuszok fizikai ko-lokalizációjára utal ugyanazon kromoszómán, fajonként. A kollinearitás a genetikai lókuszok fizikai ko-lokalizációjára utal ugyanazon kromoszómán, különböző fajokban, azonos rendet konzerválva. Ezért ez a szintenia egyik formája.
