A legfontosabb különbség a transzgénikus és a knockout egerek között az, hogy a transzgenikus egerekben idegen gének vannak beillesztve a genomjába, míg a knockout egerek funkcionálisan inaktivált génekkel bírnak.
A géntechnológia az a genetika területe, ahol egy szervezet genetikai felépítését módosítják vagy manipulálják a rekombináns DNS-technológiával. A transzgenikus organizmusokat úgy állítják elő, hogy idegen géneket (transzgéneket) juttatnak a szervezetekbe biotechnológia segítségével. Genetikailag módosított szervezeteknek is nevezik őket. A transzgén organizmusok értékes kutatási eszközök. Fontosak a gének működésének feltárásában, valamint a génterápiában és a mezőgazdaságban. Az egereket laboratóriumi állatmodellként használják, mivel szorosabban kapcsolódnak az emberhez. A transzgénikus és a knockout egerek kétféle genetikailag módosított állat. Transzgénikus egerekben a gazdaszervezet DNS-jét egy lokuszban ugyanazon gén más változatával vagy teljesen más génnel helyettesítik. A knockout egerekben a gazda gént egyszerűen törlik vagy funkcionálisan inaktiválják.
