A legfontosabb különbség a ciszgenesis és az intragenesis között az, hogy a cisgenesisben a géneket anélkül vezetik be, hogy változtatnának a DNS-szekvencián, és a gének natív promoterrel, intronokkal és terminátor szekvenciákkal rendelkeznek, míg az intragenesisben a gének más növényekből származó genetikai elemek felhasználásával is megtervezhetők azonos nemi szempontból kompatibilis génállománnyal.
A transzgenesis a befogadó növény genetikai módosítása bármely nem növényi organizmus génjeivel, vagy egy donor növény génjeivel, amely szexuálisan nem kompatibilis a befogadó növényekkel. A cisgenesis és az intragenesis a transzgenesis két alternatív fogalma. Mindkettő keresztezhető fajok között zajlik. A cisgenesis egy befogadó növény genetikai módosítását jelenti, amelynek szexuálisan kompatibilis növény természetes génje van. Az intragenesis viszont lehetővé teszi új funkcionális genetikai elemek in vitro átrendeződésével létrehozott génkombinációk alkalmazását. Mindkét fogalom azonban ugyanazon fajból vagy szorosan rokon fajokból származó, nemileg kompatibilis gének használatán alapul. Ezért az intragenesis és a cisgenesis megegyezik a hagyományos tenyésztéshez rendelkezésre álló génkészlettel.
