A legfontosabb különbség a CFC és a HCFC között az, hogy a CFC csak szén-, fluor- és klóratomokat tartalmaz, míg a HCFC hidrogén-, szén-, fluor- és klóratomokat tartalmaz. Ennél is fontosabb, hogy a CFC komoly ózonréteg-csökkenést okoz, de a HCFC ezzel összehasonlítva sokkal kisebb hatással van az ózonrétegre.
A CFC és a HCFC kémiai szerkezete az ezekben a szerkezetekben jelenlévő kémiai elemek szerint kapcsolódik egymáshoz. Ami a kémiai szerkezetet illeti, a CFC és a HCFC között az a különbség, hogy a CFC-nek nincs hidrogénatomja, míg a HCFC hidrogénatomot tartalmaz. A CFC közismerten hozzájárul az ózonréteg csökkenéséhez. Ezért káros anyag. A HCFC jó helyettesítője ennek a káros anyagnak.
