A fő különbség a plastoquinon és a plasztocianin között az, hogy a plastoquinon egy lipofil hordozó molekula, amely az elektronokat a citokróm b6f fehérje komplexen keresztül továbbítja a plasztocianinhoz. De a plasztocianin egy kicsi, vízben oldódó kék-réz fehérje, amely elfogad egy elektronpárt a citokróm b 6 f komplexből, és átadja azt a tilakoid térben található I. fotoszisztémának.
A fotoszintézisnek kétféle reakciója van: fénytől függő reakciók és fénytől független reakciók. Ez a két típusú fotorendszer fontos szerepet játszik a fényfüggő reakciókban. Ezek az I. és II. Fotorendszer. A fotorendszerek fehérjék és pigmentek vagy fényelnyelő molekulák nagy komplexei. Elkapják a napfény energiáját. A P700 az I. fotorendszer, míg a P680 a II. Fotorendszer reakcióközpontja. Minden fotorendszer elnyeli a fényt, és fotofoszforilezéssel ATP-t termel. NADPH-t is termelnek. A fényfüggő reakciókban többféle elektronelfogadó vesz részt. A platokinon és a plasztocianin kétféle molekula, amelyek részt vesznek az elektrontranszport-láncban.
