A legfontosabb különbség az autológ és az allogén őssejt-transzplantáció között az, hogy az autológ őssejt-transzplantáció során a saját sejteket használják transzplantáció során, míg az allogén őssejt-transzplantációk során a donort a transzplantáció előtt párosítják, majd beadják.
Az őssejt-transzplantáció elsősorban a rák kezelésében alkalmazott technika. Az őssejt-transzplantáció során a megfelelő fejlett tulajdonságokkal rendelkező őssejteket úgy adják be, hogy immunológiai sejtekké fejlődjenek, amelyek képesek rákos sejteket elpusztítani. Másik feladata a test nem rosszindulatú sejtjeinek védelme. Az autológ és allogén őssejt-transzplantáció az őssejt-transzplantációs technikák két típusa. Az autológ őssejt-transzplantáció a saját őssejtjeit használja az átültetéshez, míg az allogén őssejt-transzplantáció a megfelelő donor őssejtjeit használja.
