A legfontosabb különbség az Apicomplexia és a Ciliophora között az, hogy az Apicomplexia a protozoonok alfaja és magában foglalja az apikális komplexummal rendelkező organizmusokat, míg a Ciliophora a protozoonok másik alfaja, amelybe csillókkal rendelkező szervezetek tartoznak.
A protozoa a Protista Királysághoz tartozó két fő csoport egyike. A másik csoport az algák. A protozoonok egysejtű állatok, mint az eukarióta szervezetek. Négy osztályba tartoznak: Sarcodina (amőbák), Ciliophora (ciliátok), Zoomastigophora (zászlóaljak) és Apicomplexa. Az apicomplexia apikális komplex néven ismert szerkezettel rendelkezik, míg a Ciliophora-tagok csillagainak ezrei vannak a szervezet felszínén.
