A fő különbség a piridin és a pirimidin között az, hogy a piridin szerkezete hasonlít a benzol szerkezetére, és egy metilcsoportot nitrogénatom helyettesít, míg a pirimidin szerkezete, bár a benzol szerkezetére is hasonlít, két metilcsoportot nitrogénatom helyettesít.
A piridin és a pirimidin szerves vegyületek. Ezeket heterociklusos szerves vegyületeknek nevezik, mivel gyűrűs szerkezetek, amelyek két különböző atomot alkotnak a gyűrűben. Ezek a gyűrűs szerkezetek szén- és nitrogénatomokat tartalmaznak.