A legfontosabb különbség a BLAST és a FastA között az, hogy a BLAST egy alapvető igazítási eszköz, amely a Nemzeti Biotechnológiai Információs Központ weboldalán érhető el, míg a FastA az Európai Bioinformatikai Intézet honlapján elérhető hasonlóság-kereső eszköz.
A BLAST és a FastA két olyan szoftver, amelyet széles körben használnak a DNS, aminosavak, fehérjék és különböző fajok nukleotidjainak biológiai szekvenciáinak összehasonlítására és hasonlóságaik felkutatására. Ezeket az algoritmusokat a sebesség szem előtt tartásával írták. Mivel, amikor a tudósok az 1980-as évek közepén a laboratóriumban képesek voltak izolálni a DNS-t, szükségessé vált azonos gének összehasonlítása és megtalálása a további kutatáshoz nagy sebességgel. Ezért ezt a két szoftvert úgy fejlesztették ki, hogy a felhasználó gyorsan megkereshesse a lekérdezési szekvenciáihoz hasonló szekvenciákat.
A BLAST az Basic Local Alignment Search Tool rövidítése, és a lokalizált megközelítést használja a két szekvencia összehasonlításához. A FastA a Fast A-ra utaló szoftver, ahol A jelentése All. Itt a szoftver olyan ábécékkel működik, mint a Fast A a DNS-szekvenáláshoz és a Fast P a fehérjéhez. A BLAST és a FastA egyaránt nagyon gyorsan összehasonlítja bármely genomadatbázist, ezért pénzügyileg és időmegtakarításban is nagyon életképes.
