A fenetika és a kladisztika közötti fő különbség az élőlények osztályozásánál alkalmazott módszer. A fenetika morfológiai és szerkezeti jellemzők alapján, míg a kladisztika az ősök és az evolúciós kapcsolatok alapján osztályozza az organizmusokat.
Az élőlények osztályozása fontos folyamat a biodiverzitás és a biológiai vizsgálatok során. A taxonómia megkönnyíti a különféle rendszerek osztályozását, miközben elősegíti a szervezetek csoportosulását és csoportosítását. Ebben a tekintetben a fenetika és a kladisztika fontos szerepet játszik az organizmusok közötti kapcsolatok kiépítésében.
