A legfontosabb különbség a patofiziológia és a patogenezis között az, hogy a patofiziológia elmagyarázza a betegség állapotában jellemzően megfigyelt állapotokat, valamint a szervezeten belül működő folyamatokat vagy mechanizmusokat, míg a patogenezis megmagyarázza a betegség eredetét és fejlődését, valamint azt, hogy a betegség akut, krónikus vagy visszatérő-e.
A kórélettan és a patogenezis két hasonló kifejezés, amelyet a betegség előfordulásának, valamint a kapcsolódó mechanizmusoknak és jellemzőknek a magyarázatára használnak. A kórélettan a betegség állapotában megfigyelt állapotokra és a szervezeten belül zajló folyamatokra vonatkozik. A patogenezis elsősorban a betegség eredetére és kialakulására összpontosít. Mindkét vizsgálat fontos a betegség diagnosztizálásában és a terjedésének megakadályozásában.
