Az észter és az éter közötti legfontosabb különbség az, hogy az észter funkcionális csoportja –COO, míg az éter funkcionális csoportja –O-.
Az észter és az éter szerves molekulák oxigénatomokkal. Az észtereknek a –COO csoportja van. Itt az egyik oxigénatom kettős kötéssel kapcsolódik a szénhez, a másik oxigén pedig egyetlen kötéssel. Mivel csak három atom kapcsolódik a szénatomhoz, körülötte van egy trigonális síkgeometria. Továbbá, a szénatom sp 2 hibridizált. Ezenkívül egy észter egy karbonsav-származék. Az éterben viszont oxigénatom van, amely két egyszeres kötést és két alkil- vagy arilcsoportot tartalmaz. Az oxigénatomnak két magányos elektronpárja is van.
