A legfontosabb különbség a heterokromatin és az euchromatin között az, hogy a heterokromatin a kromatin erősen csomagolt formája, amely általában inaktív, míg az euchromatin a laza csomagolású kromatatin forma, amely általában aktív.
A kromatin az a szerkezet, amely a kromoszóma DNS-szálát tartja. A heterokromatin és az euchromatin a kromatin két fő típusa, amelyek jelen vannak a sejtekben. Szerkezetét és működését tekintve különbség van a heterokromatin és az euchromatin között. Ezenkívül különböznek a transzkripciós és replikációs tulajdonságoktól is.
