A legfontosabb különbség a homológia és a bioinformatika hasonlósága között az, hogy a homológia két szekvencia közös evolúciós őseiről szóló állításra utal, míg a hasonlóság két szekvencia közötti hasonlóság mértékére utal.
A bioinformatika egy olyan tudományterület, amely a biológiát, az informatikát, az informatikát, a matematikát és a statisztikát ötvözi a biológiai adatok elemzésére és értelmezésére. A homológia és a hasonlóság két kifejezés, amelyet a bioinformatika területén használunk. Könnyen kiszámíthatjuk a hasonlóságot a hasonló maradványok százalékos arányaként az igazítás adott hosszában. A homológiát azonban nem tudjuk kiszámítani, mivel lehet igaz vagy hamis, és általában az alkalmazott hipotézistől függ.
