A legfontosabb különbség a hasonlóság és az azonosság között a szekvenciaillesztésben az, hogy a hasonlóság két szekvencia közötti hasonlóság (hasonlóság) az összehasonlításhoz képest, míg az azonosság a két különböző szekvencia között pontosan megegyező karakterek száma.
A bioinformatika egy interdiszciplináris tudományterület, amely főleg a molekuláris biológiát és genetikát, az informatikát, a matematikát és a statisztikát foglalja magában. A szekvencia igazítás a bioinformatika egyik fő fogalma. Ez az az eljárás, amelyben a DNS, az RNS vagy a fehérje szekvenciáját elrendezzük a hasonlósági régiók azonosítására, amely a szekvenciák közötti funkcionális, strukturális vagy evolúciós kapcsolat következménye. Az igazítás végén sorokként jelennek meg egy mátrixon belül. Az egymást követő kolóniák azonos karaktereinek összehangolása érdekében beillesztett rések vannak a maradékok között.
