Az allogén és az autológ transzplantáció közötti legfontosabb különbség a transzplantációhoz szükséges őssejtek forrásától függ. Az allogén transzplantáció egy másik donor új őssejtjeit használja, míg az autológ transzplantáció a beteg saját őssejtjeit használja.
Az őssejtek differenciálatlan sejtek, amelyek különféle más típusú sejtekre oszthatnak és differenciálódhatnak. Következésképpen ezek a sejtek képesek az önmegújulásra. Ezért ezek a szerveink és szöveteink alapjai. Továbbá testünk javító rendszereként működnek. Mivel az őssejtek képesek több ugyanolyan típusú leánysejt előállítására vagy specifikus sejttípusokká történő differenciálódásra, őssejtterápiákban alkalmazzák őket a rosszul működő vagy beteg szövetek egészséges szövetekkel való helyettesítésére. Az őssejtterápia lehet allogén vagy autológ. Ez a transzplantáció során a szövet pótlására használt új őssejtektől függ. Az őssejtterápiában, ha az alkalmazott őssejtek a betegek sajátjai, akkor autológ transzplantációnak nevezik. De ha más donortól származik, akkor ezt allogén transzplantációnak nevezzük.
