A legfontosabb különbség a zooplankton és a fitoplankton között az, hogy a zooplankton heterotróf, nem fotoszintetizáló plankton, amely akár egysejtű, akár egy állat, míg a fitoplankton autotróf fotoszintetikus plankton, amely kova, cianobaktérium vagy algák.
A planktonok azok az apró élőlények, amelyek az óceánokban, tengerekben vagy édesvízi testekben élnek és lebegnek. Legtöbbjük mikroszkópos, és fontos táplálékforrás a nagyobb állatok számára. A planktonoknak két fő típusa van, nevezetesen a zooplankton és a fitoplankton. A zooplanktonok heterotrófiák, és olyan állatokat tartalmaznak, amelyek nem képesek fotoszintetizálni. Másrészt a fitoplankton fotoszintetikus plankton, amely autotróf. Ezenkívül a fitoplanktonok fotoszintézis útján tárolják az energiát, a zooplankton és a nekton (a testben aktív, a vízoszlopban aktívan mozgó állatok) pedig ezekből táplálkoznak. Az emberek és más ragadozók a nektonnal és néhány nagyobb zooplanktonnal táplálkoznak nagymértékben. Emellett az emberi tevékenységek, például a környezetszennyezés, nagyrészt negatívan befolyásolják ezt a fitoplanktonból induló energiaáramlást.
