A legfontosabb különbség az endoszimbiózis és az invagináció között az, hogy az endoszimbiózis egy olyan elmélet, amely megmagyarázza az eukarióta sejt belsejében található mitokondriumok és kloroplasztok eredetét, míg az invagináció olyan folyamat, amely megmagyarázza a sejtmag és más sejtorganellumok eredetét a plazmából való invagináció kialakulásán keresztül. membrán a sejt belsejébe.
A tudósok úgy vélik, hogy az eukarióta sejtek prokarióta sejtekből fejlődtek ki. Számos elméletet dolgoztak ki annak magyarázatára, hogy ez az evolúció hogyan történt. Az endoszimbiózis egy ilyen elmélet, amely megmagyarázza a mitokondrium és a kloroplaszt eredetét az eukarióta sejtekben a prokarióta baktériumoktól. Míg az invagináció egy olyan folyamat, amely megmagyarázza az eukarióta sejt belsejében található mag és más membránhoz kötött organellumok eredetét.
