A koenzim és a kofaktor közötti legfontosabb különbség az, hogy a koenzimek szerves molekulák, míg a kofaktorok lehetnek szerves vagy szervetlen molekulák.
Az enzimek alapvető biológiai makromolekulák. Ezek a biológiai katalizátorok, amelyek nagyon enyhe körülmények között növelik a biológiai reakciók sebességét. Ezenkívül az enzimek fehérjék; így amikor magas hő, sókoncentráció, mechanikai erő, szerves oldószerek és tömény sav- vagy bázisoldatoknak vannak kitéve, hajlamosak denaturálódni. Néha az enzimeknek egy másik molekula vagy egy ion támogatására van szükségük a specifikus funkcióhoz. A koenzimek és a kofaktorok ilyen molekulák.
