A legfontosabb különbség a GFP és az EGFP között az, hogy a GFP egy vad típusú fehérje, amelyet nem emlős sejtek molekuláris klónozásába építenek be, míg az EGFP egy továbbfejlesztett vagy módosított típusú GFP, amely emlős sejteken alkalmazható.
A molekuláris klónozás egy fejlett technika, amelyet a tudósok rendkívüli mértékben használnak a fehérjék expresszálásához rekombináns technológiával. A rekombináns DNS-technológiában szükség van a rekombináns vektor sikeres transzformálására a gazdaszervezet számára. Ezért a transzformációs folyamat során meg kell határozni és meg kell erősíteni, hogy az érdekelt gén transzformálódott-e a gazdaszervezetben vagy sem. Ennek értékelésére a molekuláris biológusok többféle technikát alkalmaznak. E technikák közül az egyik a riporter gén. Ezek a riporter gének szelektálható markerként működnek a megfelelő transzformánsok kiválasztásához. Tehát a zöld fluoreszcens fehérje (GFP) és a fokozott zöld fluoreszcens fehérje (EGFP) két molekuláris klónozásban használt riporterfehérje.
