A legfontosabb különbség az apomorfia és a plesiomorfia között az, hogy az apomorfia olyan jellemzőre utal, amely csak egy kládra jellemző, és az adott klád minden leszármazottjában megtalálható, míg a plesiomorfia a kládban jelen lévő, de a a klád összes tagja.
A filogenetikában a kladisztika az a terület, amely az organizációkat osztályokba vagy csoportokba sorolja az ősök által örökölt jellemzők alapján. Ez egy nagyon megbízható tanulmányi forma, amely segíti az evolúciós és filogenetikai kapcsolatok elemzését. Különböző terminológiák használhatók az egyes kládok olyan jellemzőinek leírására, mint például az apomorfia, a plesiomorfia, az autapomorfia, a szinapomorfia és a homoplazia stb. Ezekben a tanulmányokban a számítógépes szoftverek valóban hasznosak az Apomorphy és a Plesiomorphy jellemzőinek és jellemzőinek tanulmányozásához.
