A bakteriális endoszpórák és a gombaspórák közötti legfontosabb különbség a két típusú spóra sejtszerveződése. A bakteriális endoszporák a prokarióta baktériumokban szunnyadó szerkezetek. A gombaspórák az eukarióta gombákban jelen lévő reproduktív struktúrák.
A bakteriális endoszporák a baktériumsejtekben vannak jelen, és szunnyadó struktúrák, amelyek képesek túlélni a zord környezeti feltételeket. Következésképpen ezek az endospórák akkor csíráznak, amikor a megfelelő környezeti feltételek teljesülnek. Ezzel szemben a gombaspórák olyan exosporák, amelyek a sporuláció érdekében a külsõbe engednek.
